Из приложений и веб-сервисов подойдут Wunderlist, Trello, Any.do, MyLifeOrganized, любой заметочник или обычный файл в «Google Документах». Если вы привыкли делать заметки на бумаге, можете использовать её.
Есть поклонники файловой системы. На рабочем столе создаётся одна общая папка, в ней — несколько тематических, и в каждой хранятся соответствующие списки и необходимые материалы.
Главное требование: инструмент должен быть всегда у вас под рукой, чтобы вы могли перенести задачу из головы на бумагу или в приложение. Например, когда к вам подходит начальник и поручает новую задачу, а вы в это время работаете над чем-то другим.